基督教被定为罗马帝国国教后，随着罗马帝国的疆域扩展而遍布欧洲、中东与北非。日耳曼大移民颠覆了罗马帝国后，伊斯兰教从中东兴起而遍及中东与非洲——两大宗教从此二分天下。随着近代欧美国家政治经济崛起，伊斯兰教国家相形见拙，从政教合一蜕变成实际的专制政权。
1920年代埃及教师Sayyid Qutb (1906-1966) 著书分析伊斯兰教衰落的原因是异教的侵入，以《可兰经》中的“圣战”教义（Dschihad），号召穆斯林们以自己的财产和生命来捍卫伊斯兰世界。1966年巴勒斯坦的学者Abdullah Azzam (1941-1989) 在Qutb 的理论基础上，提出这种圣战首先是从一小部分有献身精神的穆斯林开始。圣战的三大敌人是：基督教、犹太人和依附于西方的伊斯兰国家政府。圣战的两大形式是：以虔诚的穆斯林占领原伊斯兰、现被世俗化的国家；到敌国的本土去搞恐怖活动以威胁异教的侵入。Qutb的弟弟和Azzam同时在沙特阿拉伯的皇家大学任教，1981年本来去读经济管理学的富商之子本·拉登被他们的学术倾倒，创立了“基地”组织；开罗的儿科医生Zawahiri创立了“伊斯兰圣战”，后与“基地”合并而成为基地二号人物。
将理论付诸实践的第一次是阿富汗。1970年代阿富汗是倾苏的（共产）政权，流亡到巴基斯坦的阿富汗穆斯林在那里发起塔利班圣战运动，最后推翻世俗政权。1979年苏联出兵干涉，引发整个中东地区穆斯林对塔利班的声援。Azzam(理论)和本·拉登(出钱)共同组织几千人的圣战队赶往阿富汗，对苏军从事大量恐怖活动，美国出于冷战政策也在暗中支持，促使苏军1989年撤离阿富汗，塔利班正式当政，成为现代圣战运动的第一个样板——第二个样板可能要数巴勒斯坦的哈马斯(伊斯兰抵抗运动)，通过恐怖活动而在加沙当政——这是伊斯兰恐怖活动的第一代。
于是，来自全世界的几万位圣战自愿者赶往阿富汗，在那里接受基地组织的军事训练和进一步的宗教深化。训练完后，他们又返回原国从事恐怖活动，于是“圣战”从阿富汗延伸到全世界——这就是现代伊斯兰恐怖活动的第二代。他们不仅人数众多，地域分散（计有55个国家），而且经费充足，有2500家企业和银行资助他们，每年可获得3000万美元捐款，现有资产约2亿美元（本·拉登的个人资产就有3亿美元）。于是，他们就在世界各国搞恐怖活动，威慑基督教国家。其中最大的项目就是美国发生的9/11事件了，这项目基地组织花了40-50万美元。
随着计算机及网络的普及，圣战运动又加强了在英特网上传播，许多穆斯林受其鼓舞，尽管没有经过正规的军事训练，甚至也没有统一的组织，就以个人开展了圣战运动，例如2004年在西班牙、2005年在伦敦的爆炸事件，就是以这种形式进行——这就是现代伊斯兰恐怖活动第三代。
当然，宗教的背后是社会，缺乏社会公正与社会保障是滋生犯罪的土壤。很多愤青可以将伊斯兰教国家的落后归咎和发泄于西方国家，但恐怖活动既不可能削弱欧美国家(带来一点心理恐惧)，也不可能给伊斯兰国家带来光明，更不可能解决现实生活困境。这种落后最终只能归咎于本国政府的专制和践踏人权。今年突尼斯爆发的茉莉花革命，就是伊斯兰教国家的人民自我抗争引发的，波及非洲与中东许多国家。那些总统只是以宗教为工具来统治人民，以保障自己利益而不顾国民死活，卡扎菲也受到伊斯兰世界的一致谴责就可见一斑。
其实，任何文化、任何宗教都是向善的，无论基督教、伊斯兰教还是佛教或儒家，没有一教会说人可以没有尊严地活着，人民没有过问国事的权利。所以，封杀本·拉登不可能削弱恐怖活动，圣战者将越杀越多。而伊斯兰教国家走向民主自由，保障人民生活，增进不同文化间的沟通，才是从根本上消除产生恐怖活动的土壤——茉莉花革命真正削弱了恐怖活动的民众基础，在此影响下，近日哈马斯放弃原教旨愿与巴勒斯坦合并就是明证。
